Согласно п.2.1. «Временного положения о системе экологического аудита в г. Москве» (44) система экологического аудита в городе Москве - организационно-функциональное объединение, включающее: уполномоченный орган государственного регулирования в области экологического аудита в городе Москве и органы координации экоаудиторской деятельности, создаваемые при нем; экоаудиторские организации; организации, осуществляющие хозяйственную и иную деятельность; профессиональные экоаудиторские объединения; аккредитованные учебно-методические центры по подготовке экоаудиторов, и имеющее целью внедрение и развитие экоаудиторской деятельности как вида предпринимательской деятельности.
В систему экологического аудита г. Москвы входят:
• Департамент природопользования и охраны окружающей среды города Москвы, являющийся уполномоченным органом государственного регулирования в области экологического аудита в городе Москве, согласно Постановлению Правительства Москвы «Об экологическом аудите»(43);
• Совет по экоаудиторской деятельности при уполномоченном органе;
• Центральный орган системы, утверждаемый Правительством Москвы;
• аккредитованные при уполномоченном органе учебно-методические центры по подготовке экоаудиторов, имеющие лицензии на ведение образовательной деятельности;
• экоаудиторские организации, внесенные в реестр экоаудиторских организаций, который ведется уполномоченным органом;
• индивидуальные экоаудиторы, зарегистрированные в качестве предпринимателей, осуществляющих свою деятельность без образования юридического лица, и внесенные в реестр индивидуальных экоаудиторов, который ведется уполномоченным органом;
• организации, отнесенные к числу экоаудируемых в соответствии с Критериями отнесения организаций города Москвы к числу рекомендованных для проведения экологического аудита.
Основными целями создания системы являются:
• организация и внедрение в практику хозяйственной и природоохранной деятельности в городе Москве экологического аудита в качестве механизма независимой оценки природоохранной деятельности организаций, являющихся источниками негативного воздействия на окружающую среду,
• содействие повышению качества и обоснованности комплекса мер по охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности города Москвы;
• развитие экоаудиторской деятельности, осуществляемой в целях охраны окружающей среды, обеспечения экологической безопасности, снижения экологических и инвестиционных рисков, повышение эффективности использования бюджетных средств города Москвы, инвестиционной привлекательности организаций.
Система предназначена для решения следующих задач:
• унификации правил экологического аудита и контроль за их соблюдением;
• формирования условий снижения экологических рисков при принятии финансовых, хозяйственных и управленческих решений в городе Москве;
• повышения качества экоаудиторских услуг и ведение реестров экоаудиторских организаций;
• организации проведения экологического аудита организаций.
• формирования предложений в целевые программы охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности города Москвы.
• организации и проведения работ по совершенствованию методологических и правовых основ экологического аудита и подготовке аудиторов.

В целях учета мнения профессиональных участников рынка экологического аудита и сопутствующих ему услуг должен быть создан Совет по экоаудиторской деятельности.
Совет должен принимать участие в подготовке и предварительном рассмотрении основных документов экоаудиторской деятельности, участвовать в разработке правил (стандартов) экоаудиторской деятельности, периодически их пересматривать, а также рассматривать обращения и ходатайства экоаудиторских организаций и индивидуальных экоаудиторов.

Помимо совета по экоаудиторской деятельности согласно Постановлению Правительства Москвы «Об экологическом аудите»(43) создается Центральный орган системы экологического аудита.
Центральный орган системы экологического аудита в г. Москве определяется Правительством Москвы.
Основными функциями Центрального органа Системы являются разработка проектов нормативных и инструктивно-методических документов, регулирующих деятельность системы экологического аудита в москве, подготовка информационных материалов; беспечение проведения процедуры аттестации, обучения и повышения квалификации экоаудиторов, аккредитации учебно-методических центров по подготовке аудиторов в Москве, подготовка предложений в программы и планы деятельности по охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности.